Στο τεκμηριωμένα κατοικούμενο από τα Πρωτομινωικά χρόνια (μέσα 3^ης χιλιετίας π.Χ. περ.) Σμάρι, σημαντικότερη ανασκαμμένη θέση είναι η Ακρόπολη του λόφου του Προφήτη Ηλία. Τα αρχιτεκτονικά λείψανα, που έχουν ανασκαφεί υπό τη διεύθυνση της Δ. Χατζή-Βαλλιάνου, παραπέμπουν σε συνεχή χρήση του χώρου από τη Μεσομινωική μέχρι και την Ανατολίζουσα εποχή (1800 - 630 π.Χ.).

Στην κορυφή του λόφου, σε έξαρμα διαστάσεων 30 x 40 μ. (Τρουλλί) και εντός ισχυρού περιβόλου με οχυρωματικό/αναλημματικό χαρακτήρα έχουν ανασκαφεί τρία παράλληλα επιμήκη οικοδομήματα ανήκοντα στον τύπο του μεγάρου, ιερός οίκος της Αθηνάς Εργάνης, αυλείοι χώροι και βοηθητικά κτίσματα, όλα χρονολογούμενα στη Γεωμετρική/Ανατολίζουσα εποχή (800-630 π.Χ. περίπου). Τα παραπάνω κτίρια αποκαλύφθηκε ότι είχαν οικοδομηθεί πάνω σε αρχαιότερα κτίρια Μεσομινωϊκής/Παλαιοανακτορικής περιόδου (1800 π.Χ. περίπου), στα οποία αντιστοιχούσε η πρώτη φάση του περιβόλου, κατασκευασμένου ήδη με ακριβή εφαρμογή του Πυθαγορείου θεωρήματος.

Γύρω από τα κτίρια της κορυφής του Τρουλλίου είχε αναπτυχθεί οικισμός εντός δευτέρου περιβόλου με δίπυλο. Από τον οικισμό αυτό έχουν ανασκαφεί λίγα μεγαρόσχημα κτίρια, με ίχνη καταστροφής από πυρκαγιά γύρω στο 1000 π.Χ., αποθήκες, εργαστήρια και ένα κτίσμα με ταφική πυρά ΥΜ ΙΙΙΓ περιόδου (1200-1100 π.Χ. περίπου). Η εγκατάσταση του εξάρματος Τρουλλί έχει ερμηνευτεί από την ανασκαφέα-μελετήτρια του χώρου Δ. Χατζή-Βαλλιάνου ως έδρα του τοπικού ηγεμόνα της περιοχής, κατά τη Γεωμετρική/Ανατολίζουσα περίοδο. Η ανίχνευση μάλιστα κοινωνικών δομών του Ομηρικού αριστοκρατικού τύπου ενισχύει, σύμφωνα με τη κ. Βαλλιάνου, τον εντοπισμό της έδρας της Ομηρικής Λύκτου στο Τρουλλί. Ο αρχαιότερος χαρακτήρας του χώρου, κατά τη ΜεσοΜινωϊκή/Παλαιοανακτορική περίοδο δεν είναι ακόμη εξακριβωμένος.

Στην ευρύτερη περιοχή του Σμαρίου έχουν ανασκαφεί δέκα εγκαταστάσεις χρονολογούμενες από τα μινωικά έως και τα ρωμαϊκά χρόνια με αξιολογότερες και επισκέψιμες το θολωτό τάφο στο λόφο Λειβαδίτσα και μια ρωμαϊκή αγροικία στην είσοδο του χωριού.